Durante los ejercicios de 1999 a 2006, el programa para Indonesia fue considerablemente satisfactorio. El respaldo del Banco ayudó a las autoridades nacionales a garantizar la recuperación económica luego de la crisis de finales del decenio de 1990. Para 2004, el ingreso per cápita había alcanzado los niveles anteriores a la crisis y la inflación había caído a menos del 7%; por su parte, la deuda pública se había reducido de prácticamente un 100% del producto interno bruto en 1999 a menos del 50% en 2005. Estas mejoras sirvieron para invertir, en gran medida, los efectos de la crisis (el porcentaje de indonesios que viven con menos de US$1 al día era del 16% en 2005, en comparación con el 23% de 1999). El descenso de la pobreza por ingresos y el mejoramiento de los indicadores del desarrollo humano se debieron, entre otros factores, a la labor del Banco en lo que respecta al desarrollo impulsado por la comunidad, mediante el programa de desarrollo de subdistritos (kecamatan), y la reconstrucción posterior al tsunami de 2004. Estos logros compensaron los resultados menos satisfactorios del programa del Banco en otras esferas, como la descentralización y la lucha contra la corrupción.